Eigentlich wählst Du die VGA Auflösung als Projekteinstellung aus und exportierst auch in dieser. Dein HD Material, müßte dann so von der Software importiert werden, daß Du nur den 640x480 Pixel großen Ausschnitt mittig siehst (der Rest ist außerhalb des sichtbaren Bereichs).
Wenn Du das volle HD Bild siehst, dann wird die Software es automatisch verkleinert haben. In dem Fall müßtest Du die Größe dieses HD Materials manuell auf 100% setzen und den entsprechenden VGA Auschnitt auswählen.
Am Ende sollte dann 480p Material für Youtube rauskommen.
Willst Du 720p für Youtube haben, dann wählst Du dies auch als Exporteinstellung, wird aber vom Seitenverhältniss nicht hinhauen, weil Du 4:3 und 16:9 Material mischt.