Vielen Dank für die Tipps!
Sowohl AVIdemux als auch X-Media Records haben geholfen, und ich hab wieder was dazu gelernt.
Tatsächlich wurde das Problem parallel dazu dann jedoch anderweitig gelöst: aus irgendeinem Grund hat das Umformatieren mit PhotoSync nur auf dem iPhone, auf dem die Videos aufgenommen, funktioniert. Das haben wir aber erst sehr spät rausgefunden.