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An sich spielt das doch gar keine Rolle, in welche Richtung du filmst? Aber wenn du sagst, dass du den Fluss von der Quelle bis zur Mündung abfilmen willst (also flußabwärts), würde es von der Kontinuität Sinn machen, flußabwärts zu filmen.
Ansonsten würde ich einfach beide Richtungen ausprobieren und dann nachher schauen, was besser aussieht. Ich könnte mir z.B. vorstellen, dass es ziemlich "dramatisch" wirken könnte, wenn die Drohne gegen den Strom über den Fluss fließt, andersrum hätte es eine beruhigendere Wirkung.
Viele Erfolg!
Felix