Dein Enthusiasmus in allen Ehren, aber das, was Du da beschreibst, sind - wenn es professionell aussehen soll - Dinge, an denen in der Filmindustrie Teams von Dutzenden von Leuten (manchmal hunderte) zum Teil über mehrere Jahre arbeiten, und zwar nachdem sie sich mit der einschlägigen Software schon gut auskennen. Und aus Deinen Fragen kann man ablesen, dass Du derzeit allenfalls eine sehr verschwommene Vorstellung davon hast, wie man so etwas macht, und auch noch keinerlei ernstzunehmende Recherche betrieben hast.
Wenn wir von "echter Profi-Software" sprechen, und Geld keine Rolle spielt, dann würde ich mir an Deiner Stelle einfach mal das Angebot eines Händlers ansehen, der solche Produkte anbietet, z. B.
http://www.cai-systeme.com/. Da bekommst Du mal einen Überblick, was es so gibt auf dem Markt. Und dann kann man nur raten: Demos herunterladen, Tutorials ausprobieren etc., oder vielleicht auch Ausbildungskurse besuchen, wenn Zeit und Geld dafür reichen.
Ob Dein Audio-Problem irgendetwas mit dem umschriebenen "48 Khz"-Problem zu tun hat, weiß ich nicht. Kann man auch ohne nähere Angaben nicht beantworten. Wenn es einfach um das Einfügen von WAV-Files (mit 44.1 kHz? Das ergibt sich aus den Exporteinstellungen von Cubase) geht, dürfte der Fehler woanders liegen. Vielleicht ist es auch tatsächlich ein Software-Fehler, würde mich allerdings wundern.
Im Übrigen gilt: Je besser die Frage, desto besser die Antwort. Gute Fragen erfordern Vorkenntnisse. Wenn Du hier einfach schreibst "Welche Software brauche ich, um tolle Filme mit erstklassigen Spezialeffekten zu machen?", stehen die Chancen nicht gut, dass dabei etwas Vernünftiges herauskommt.