Vermutlich sind das Artefakte durch Bewegungsunschärfe (Motion Blur). Normalerweise stört das nicht, da die Unschärfe zur Kamerabewegung passt. Wenn der Film per Software stabilisiert wird, ist die Bewegung weg, die dadurch entstandene Unschärfe aber noch da. Das führt zu Wischeffekten in Gegenrichtung der wegstabilisierten Kamerabewegung, das sieht unnatürlich aus. Ich fürchte, daß man das im Nachhinein nicht mehr zufriedenstellend korrigiert bekommt. Du kannst es mit Nachschärfen oder einem Unsharp Mask Filter probieren, Wunder darfst du aber nicht erwarten. Theoretisch müsste man einen inversen Motion Blur Filter bauen und mit Optical Flow Vektoren der unstabilisierten Aufnahme füttern. Mit Fusion oder Nuke könnte das zumindest ansatzweise gehen, man bräuchte aber das Rohmaterial vor der Stabilisierung dafür.
Besser ist es, wenn man schon beim Filmen das Thema anpackt. Bei einer richtigen Kamera würde man bei einer später zu stabilisierenden Aufnahme die Verschlusszeit kürzer einstellen, dadurch wird auch die Stabilisierung bzw. das Tracking genauer. Beim Smartphone wird das schwierig, da man kaum was einstellen kann.