Scheint so, als ob du entweder nur die Punkte/Polygons oder nur die Achsen des Obektes gedreht hast. Der "Selektionsrahmen" ist halt nunmal viereckig und undrehbar, also kannst du den nicht drehen. Allerdings kannst du in den Polygonmodus gehen, alle Polygons auswählen (Strg+A) und sie dann einfach wieder drehen. Du kannst auch in den Modus gehen, bei dem du nur die Achsen drehst, verschiebst usw. und drehst die Achse. Wenn die Achse oder die Polygons richtig gedreht worden sind, ist der Rahmen auch wieder richtig.
Generell gibt es bei Cinema4d nämlich 5 Modi, in denen man die Objekte bearbeiten kann. Der Standard-Modus ist wohl der, bei dem due das gesamte Objekt zusammen mit seinen Achsen verschiebst. Der Zweite Modus erlaubt es dir, nur die Achsen zu verschieben oder zu drehen. Der dritte ist der Punktmodus. Dort kannst du einzelne Punkte bearbeiten. Der Dritte ist der Kantenmodus. Dort werden die Kanten bearbeitet. Und zu guter Letzt gibt es noch den Polygonmodus um die Flächen zu bearbeiten. Zugriff auf die Modi findest du in der Leiste an der linken Bildschirmkante. Damit dürftest du das Problem lösen. Im Anhang liegt noch ein Screenshot aus meiner C4d-Version, wo die einzelnen Modi einmal benannt werden.
Ich hoffe, dass dir das hilft.