Dein Problem klingt sehr nach einem 32bit Adressierungsproblem entweder der Applikation, des AVIs oder des Filesystems.
Hast Du in den Exportoptionen die Möglichkeit einen anderen AVI-Typ einzustellen? OpenDML zB? Typ 2.0?
Wenn Dein Programm nur v1.0 unterstützt, dann darf das AVI nicht größer als 2 GB sein. Andernfalls startet die Adressierung im File immer wieder von vorne, was zu den von Dir beschriebenen Symptomen führen müßte.
Kannst Du Screenshots von den Exportoptionen reinstellen oder diese zumindest beschreiben?
Exportierst Du auf eine externe Festplatte (die oft standardmäßig mit FAT32 formatiert sind)?
Alternativ: Versuch doch mal einen Export mit dem HuffYUV Codec, der ebenfalls verlustfrei codiert aber gegenüber uncompressed immerhin 50% Platz spart.
->
http://www.free-codecs.com/download_soft.php?d=379&s=51
-> Version 2.1.1 (nicht die neue 2.2!)