Ich hatte irgendwann auch mehrfach derartige Fehlermeldungen in After Effects, wobei ich nicht mehr sicher bin, ob es die exakt gleiche Fehlermeldung wie bei dir war.
Hatte damals auch Google gefragt und irgendwann den Hinweis gefunden, dass es zu Render-Problemen kommen kann, wenn der Ziel-Speicherort auf der selben Festplatte liegt wie das ursprüngliche und verwendete Footage.
Bei mir traten die Probleme auch sehr sporadisch auf, ohne Muster. Seitdem render ich immer alles auf eine andere Festplatte und habe keine Probleme mehr.
Evtl. hilft dir das ja weiter.