Das kommt denke ich darauf an, wie unterschiedlich du die einzelnen Szenen graden willst. Wenn Du über alles nur den einheitlichen Look eines Presets drüberlegen willst, dann ist es in AE natürlich handlicher nur einen Clip zu haben. Aber wenn du sowieso jede Szene individuell graden willst, dann wäre es mehr Aufwand in AE alles noch einmal aufzusplitten, anstatt direkt das Projekt zu importieren.
Geht der Import von Final Cut nach AE einfach so über XML, oder brauchst du da ein
Automatic Duck? Sonst kann man vielleicht den Umweg über Premiere gehen. Ich füge die einzelnen Clips immer Stück für Stück aus der Premiere-Timeline in AE ein (über die Zwischenablage, cut and paste).