Ich würde nie in einem verlustbehafteten Codec wie MPEG4 rendern, sondern aus dem Compositing programm stets möglichst unkomprimiert/lossless und erst danach fürs Web/DVD/Archiv komprimieren. Das hat vor allem den Vorteil, dass man so niemals zu geringe Qualli ausgibt und so potentielles Rerendering spart, weil man doch bessere Qualität benötigt.
Also: Export aus Premiere als
-AVI mit "unkomprimiert", Lagarith
http://lags.leetcode.net/codec.html oder Huffyuv
http://neuron2.net/www.math.berkeley.edu/benrg/huffyuv.html
-Quicktime MOV mit "Animation" (100%)
-TIFF/TGA/PNG Einzelbildersequenz
Letzteres verwende ich am liebsten, denn so kann man sehr einfach bestimmte Bereiche neu rendern. Wenn man beispielsweise nur von Frame 100 bis 200 etwas ändert, stellt man den Arbeitsbereich auf diese Zeit und überschreibt einfach die bereits vorhandenen Frames. Fügt man später wieder alles als Sequenz zusammen, sind die Änderungen an der Stelle schon vorhanden. Besonders hilfreich ist das, wenn man in Premiere mit eben diesen Bildersequenzen weiterarbeitet.
Ein weiterer Vorteil von Einzelbildern ist, dass man so bei einem Absturz von AE (oder Stromausfall ect) während dem Rendern nicht alle Frames neu rendern muss, sondern lediglich die, die noch nicht gerendert wurden. Bei einem Videofile sind danach alle Daten futsch und man muss komplett von vorne rendern.