Verschiedene Formate sollten für alle aktuellen Videoschnittprogramme kein Problem sein. Es ist nur wichtig, dass man sich bei der Endausgabe bzw. schon bei der Timeline-Sequenz im Programm für den kleinsten gemeinsamen Nenner entscheidet, was Auflösung und Framerate angeht.
Beispiel:
1080p30
1080p60
720p60
=> 720p30
Je nach Qualität der Framerate- und Auflösungsinterpolation des jeweiligen Programms kann man aber auch auf was größeres gehen. Bei genanntem Beispiel könnte also auch p60 OK sein. Und sollten nur wenige Clips in 720 vorliegen, so kann man diese natürlich auch hochskalieren und das Ganze in 1080 realisieren.
Die Dateiformate sollten so gar keine Rolle spielen.
Was das Programm angeht: da gibt es natürlich unzählige. Ich würde sagen, es kommt auch auf dein Budget an. Was kompliziertes brauchst du bei deinem Vorhaben nicht, das klingt sehr simpel.