AVI und MOV sind nur Container. Der Codec darin ist relevant. Wenn der nicht unterstützt wird, bringt die generelle Unterstützung von AVI oder MOV nichts. Wobei das Programm dann eher nicht abstürzen, sondern eine ordentliche Fehlermeldung ausspucken sollte.
Du könntest die Videos vorher umkonvertieren, damit es geht. Dabei solltest du darauf achten, keine Qualität zu verschenken (die Dateien werden dann natürlich größer). In dem Zusammenhang lese ich oft von Handbrake (
https://handbrake.fr/), kenne das Tool aber nicht. Ich persönlich würde es mit AVIdemux (für einzelne Dateien) oder ffmpeg (für Batchkonvertierung, also mehrere auf einmal) machen.