Also, zunächst mal ist es logisch, jetzt wo ich den Screenshot sehe, dass das Doppelbild exportiert wird, denn tatsächlich zeigt dein VirtualDub dieses so an, es handelt sich also nicht um das Vorher- und das Nachher-Bild, wie VirtualDub es anzeigen würde, also in zwei verschiedenen "Fenstern" (Rahmen). Die hast du zwar auch, aber offenbar ist das Doppelbild in beiden Fenstern.
Aber warum, das ist hier die große Frage. Ich denke mal, dass in deiner "S.avs"-Datei die entprechenden Anweisungen drinstecken (AVIsynth-Befehle). Poste den Inhalt mal, dann kann ich dir zumindest sagen, wie man das manuell fixen kann. Warum aber Film9 überhaupt erst sowas erzeugt, weiß ich nicht, ich kenne das Programm leider nicht.