Warum überlappen die denn überhaupt? Kannst du die nicht so klein machen, dass die Rahmen automatisch entstehen?
Falls die Clips zu groß sind würde ich empfehlen, die einfach mit einem entsprechenden Effekt zuzuschneiden. In Premiere z. B. gibt es einen derartigen Effekt (heißt, wenn ich das richtig in Erinnerung habe, einfach "Zuschneiden".
Ansonsten könntest du, wenn es nicht zuviele Linien sind, einfach Farbflächen nehmen und auf Linienform bringen (zuschneiden oder skalieren) und dann drüberlegen.