konnte zwar dem problem entgegenwirken indem ich erst in after effects gerendert habe, was aber natürlich auch qualitätsverlust bedeutet
Nein, tut es nicht zwingend? Du hast immer die Möglichkeit, das Video unkomprimiert zu rendern.
Falls die Dateien zu groß werden, solltest du dir mal Codecs ansehen, die zur Weiterverarbeitung von Material geeignet sind, z.B. DNxHD, Apple ProRes oder TIFF-Bildsequenzen.