Sofern Du als Quellmaterial 1080i (und nicht 1080p) hast, sollten die Einstellungen passen. Obwohl man je nach Zielmedium auch ein Deinterlacing, also eine Konversion von 1080i zu 1080p in Erwägung ziehen könnte.
Aber das hat mit den Artefakten natürlich erst mal nichts zutun. Trat das Problem plötzlich auf, also hat der Export auf diese Art und Weise sonst schon häufig funktioniert? Was passiert, wenn Du ohne Quicktime-Konvertierung, also als Quicktime-Film oder wie das heißt (aber als eigenständiges File) exportierst?