Schielen im Nahbereich ist eine anatomische Unzulänglichkeit, weil wir unsere Augen nicht parallel zueinander enger zusammen rücken können, und genau dieses Schielen verursacht nach kurzer Zeit Kopfschmerzen. Das gleiche passiert auch bei 3D Bildern, die nicht parallel aufgenommen werden, wenn man sie sich ein paar Minuten anschaut.
Also soweit man nicht sein ganzes Leben lang in die Unendlichkeit sieht, schielt man dauernd. Selbst wenn du nur etwas ansiehst, das 1 Meter von dir weg ist, schielst du ganz leicht. Irgendwo müssen sich die Blicklinien ja kreuzen. Dass man davon automatisch Kopfweh kriegt, stimmt nicht.
Bei 3D-Filmen wird meist parallel gedreht, da man dadurch - vorallem bei nahen Objekten - keine Bildverzerrungen durch die unterschiedlichen Kamerawinkel hat. Die Bilder werden dann in der Nachbearbeitung noch passend zueinander geschoben, um die gewünschte Tiefenwirkung zu erreichen.
Letztendlich empfiehlt sich bei all dem aber das, was auch beim restlichen Filmemachen die Grundregel sein sollte: Einfach mal ausprobieren und den für sich am besten funktionierenden Weg wählen.