Dein Armature muss dem Mesh bereits zugewiesen sein -> Armature-Modifier, sonst kannst du dem Mesh gar keine Bone-Gewichtungen aufmalen. Das wäre jetzt eine Möglichkeit, an der es liegen könnte.
Die andere Möglichkeit wäre erst das Armature selektieren (RMT), dann in Blender 2.49 z.B. (ich weiß ja nicht, welche Version du benutzt) die Editing Buttons mit F9 aufzurufen und im Armature Panel den großen X-Ray Button drücken. Dann sollten deine Knochen durch deinen Gus durchscheinen. Dann kannst du anfangen zu malen: Nacheinander die jetzt sichtbaren Bones mit RMT auswählen und für jeden Bone die Fläche anmalen, die er beeinflussen soll. Viel Spaß