Warum willst du das den mit Alpha rausrendern?!
In Premiere macht man das so: Man geht auf Importieren, wählt das erste Bild aus (müssen durchnummeriert sein) und aktiviert das Häkchen "als Bildsequenz importieren" (oÄ, aber iwie so heißt es). Er nimmt dann alle Bilder und macht daraus eine virtuelle Videodatei. Die Transparenz bleibt natürlich erhalten. Die legst du jetzt in die Spur über deinem Videoclip, und fertig. Gerendert wird dann erst der komplette Film, nicht nur die Bauchbinde (so nennt man diese Einblendung übrigens).
Wie das in anderen Schnittprogrammen geht, keine Ahnung. Aber alles was was taugt wird einen ähnlichen Workflow anbieten.
Mit dem neuen CC gibts übrigens auch die Möglichkeit das direkt als AE-Projekt zu importieren, und die Texte trotzdem in PPro anpassen zu können. Dann braucht man nicht mal mehr die Bilderfolge.