Naja das booten ist ja eig das Laden des Bootloaders und dieser lädt den Kernel und solange dieser nicht geladen ist kann man logischerweise auch keine Programme ausführen. Was du meinst ist vielleicht ein Programm das im Autostart liegt oder wie MichaMedia schon sagte ein Dienst. Ich weiß jetzt nicht genau wie das nochmal unter Windows ging (nutze Linux, da ist das Sichwort init.d
).