Falls ich die Frage richtig verstehe:
Es gibt bei größeren Produktionen in FX-Abteilungen extra den Job des "Interface Designers". Mark Coleran (The Island, Bourne, Mr & Mrs Smith, Tomb Raider...) ist dafür ein Beispiel. In seinem Reel bezeichnet er seine Tätigkeit als "Art Direction & Visual Design & Animation for on-set playback", von daher nehme ich an, dass (zumindest teilweise) die Interfaces auch wirklich am Set zu sehen waren. Ob die Darsteller tatsächlich die Anzeigen steuern können, weiß ich nicht, würde es aber mal aufgrund eines vereinfachten Setablaufs bezweifeln, so dass man sicher nicht von "echten Programmen" sprechen kann. Interaktion am Set findet vielleicht nur da statt, wo sie tatsächlich nötig ist, könnte ich mir vorstellen.
Auf der anderen Seite werden Displays auch "per Greenscreen" dargestellt (u.a. bei "Hot Fuzz"), wo am Set z.B. nur ein grünes Überwachungsmonitor-Bild am Set zu sehen war und das Footage in der Post eingefügt wurde.
Beide Herangehensweisen haben Vor- und Nachteile – allerdings läuft ein großer Anteil solcher Aufnahmen ja auch oft in Insert-Einstellungen ab, so dass zumindest diese am Set überhaupt nicht notwendig sind. Meine Vermutung ist also, dass beides üblich ist und es eben von der Produktion abhängt, wie man es umsetzt.
EDIT: Thom war schneller. Und präziser...