Ich habe das Problem nun identifizieren können. Angenommen man hat folgende Dateien:
1.jpg
2.jpg
4.jpg
5.jpg
Importiere ich in Premiere die 4.jpg, so erhalte ich eine 2-Frames-Sequenz von 4-5. In After Effects erhalte ich hingegen 1-5 mit einem fehlenden Frame in der Mitte (Nr. 3)!
Dummerweise macht AE das auch, wenn der Import eigentlich in Premiere stattgefunden hat. Eigentlich sollten die Mediendateien 1:1 übernommen werden, aber AE macht scheinbar einen neuen Import auf seine Weise.
Die Lösung für mich war jetzt, die Dateien 1 und 2 (um bei meinem Beispiel zu bleiben) in einen anderen Ordner zu verschieben und dann die in AE importierte Sequenz durch 4-5 zu ersetzen.
Premiere macht es meiner Meinung nach logischer, weil der nur das nimmt, was da ist. AE nimmt einfach alles, egal was man eigentlich haben will.
Das Importieren von fehlenden Frames kann man übrigens mit "Alphabetische Reihenfolge erzwingen" umgehen, dass er ab einem bestimmten Frame startet geht allerdings nicht.