Evtl. den Schwert Layer oder das Video darunter selbst mal irgendwann versehentlich verschoben, die Keyframes verschoben, sowas in der Art?
Evtl. falsche Kompositionseinstellungen für die Bilder pro Sekunde im Vergleich zum Video?
Ansonsten in den sauren Apfel beißen und noch mal von vorne, oder hier mal das AE Projekt raufladen, damit sich´s mal jemand anschaut.