Das ist ja grad der Witz, das video wurde von AE komprimiert..
Das klingt jetzt blöd, aber AE ist wunderbar in der Lage z.B. den Xvid-Codec zu schreiben. Beim Lesen kommts aber häufig zu Problemen, auch bei Dateien, die direkt von AE ausgespielt wurden.
Ich emfehle wie gesagt unkomprimierte AVI oder MOV, oder wie Schattenlord schrieb Bildsequenzen wie TIFF oder PNG.