Hallöchen,
falls das Thema noch aktuell ist und du noch keine Lösung gefunden hast:
(kurz vorweg, ich hab AE nur auf Englisch, weiß also nicht, ob die deutschen Optionen genau so heißen)
Zuerst fügst du dein Projekt in die Render Warteschlange (Render Queue: Strg+Shift+/ ) ein.
Dann aufs Ausgabe Modul. Hier hast du zwei Optionen, entweder du machst einen Quicktime-Film oder eine Bildsequenz.
Also entweder du wählst bei Format Quicktime aus und nimmtst bei den Format Optionen den Animation-Codec oder den PNG-Codec. Dann noch bei den Kanälen, wo RGB drin stehen sollte, RGB+Alpha auswählen.
Jetzt sollte dein Clip die Transparenz mit drin haben.
Oder du nimmst die Bildsequenz und wählst bei Format nicht Quicktime sonder PNG Sequenz aus. Und da die Kanäle auch wieder auf RGB+Alpha stellen.
Vorher unbedingt einen neuen Ordner erstellen, in den du reinrendern möchtest, denn AE erstellt jetzt für jeden Frame ein einzelnes Bild.
Dann noch auf Rendern klicken uns los gehts