Das einzig wirkliche Problem sind alle die Ebenen, die nicht die Kompositionsgröße haben, weil die dann eben vom Ankerpunkt aus skalliert werden, der aber vielleicht nicht immer perfekt gesetzt ist, sodass die Sachen halt nach dem Upscale am falschen Ort sitzen.
Du könnstest mal versuchen eine neue Comp zu erstellen in 1080 und dann deine gesamte 720er Comp darein zu ziehen und diese dann hochzuziehen. Ich denke, in dem Fall müsste AE dann auch alle Effekte mit der vollen Auflösung direkt berechnen, allerdings würde ich nicht drauf schwören. In der 720er Comp dann halt das Footage ausschalten und in der neuen Comp drunterlegen.
Ein weiteres Problem ist natürlich, dass du in deiner kleinen Version ein quadratisches PAR hast und in der HDV Version nicht. Daher wird das auf jeden Fall ziemlich unschön aussehen, weil AE mit sowas gar nicht schön umgehen kann. Wenn das jetzt also nicht eine mega aufwendige Comp war, würde ich zum neu bauen raten.
Für die Zukunft würde ich dir vorschlagen deine Comp direkt in der Endausgabegröße anzulegen und zum schnelleren Arbeiten dann Proxies zu verwenden. Diese arbeiten dann mit geringerer Auflösung aber du hast im Grunde den Workflow, als würdest du direkt in FullRes arbeiten. Wie man das genau anstellt verrät dir das Manual oder - wie fast immer - der gute Andrew.