Zum TV Aufnahmen "kleinschneiden", Werbung rausputzen etc. verwende ich Avidemux:
http://avidemux.sourceforge.net/
Das Programm verwendet im Hintergrund ffmpeg und kann damit ziemlich viele Formate verdauen. Für deinen Zweck können die Codecs auf "copy" gesetzt werden, dann findet kein Recoding statt. Man kann dann zwar nur an Keyframes schneiden, das reicht aber für deine Anwendung aus.
P.S. Virtualdub wird seit 2013 nicht mehr weiterentwickelt und ist ziemlich tot, daher würde ich davon Abstand nehmen.