Hallo,
so ganz eindeutig sind solche Fragen zum Workflow meist nicht zu beantworten, da viele Wege nach Rom führen und du dir einfach eine Arbeitsweise ausdenken solltest, mit der du persönlich gut zurecht kommst.
Ich mache das für gewöhnlich so:
Rohmaterial im Dateiexplorer sortieren, indem ich eindeutig benannte Ordner erstelle (Szenen bzw. thematische Blöcke) und alles relevante Material dort einsortiere.
Im Schnittprogramm (Premiere) verfahreich dann ebenso, lege zuerst ein Projekt an und erstelle pro Ordner eine Ablage mit jeweils eigener Sequenz, wo ich dann die Szenen einzeln schneide. Verschieden benannte Audio,- und Videospuren können u.U. die Übersichtlichkeit verbessern (z.B. Kamera links und Kamera rechts).
Schließlich erstelle ich noch eine lange Sequenz, in der ich die ganzen "Bausteine" zusammenfüge, um die Szenenübergänge gestalten zu können und füge dort die kleineren Seuenzen per Copy & Paste nacheinander ein.
Auf einen ähnlichen Ansatz bist du ja schon selbst gekommen, also wäre das vielleicht auch eine gute Arbeitsweise für dich.