Zu 1:
Das liegt vermutlich daran, dass die Audiodatei nicht im richtigen Format vorliegt. Damit meine ich nicht das Dateiformat wie mp3 oder wav, sondern ob es beispielsweise Stereo oder Mono ist. Premiere kann nicht Mono und Stereo Dateien auf der gleichen Spur ablegen und erzeugt, falls eine nicht zu den schon vorhanden Spuren passende Datei in die Zeitleiste gezogen wird, automatisch neue Spuren.
Zu2:
mkv ist nur ein Containerformat, darin können sich eine vielzahl von verschiedenen Videocodecs verstecken. Meistens ist es ein MPEG4-Codec wie h.264. Probiere mal, ob es schon hilft die Datei von .mkv in .mp4 umzubennenen. Wenn das nicht geht, musst du die Datei vorher umwandeln bzw den Videostream direkt extrahieren. Dazu eigenet sich der "Media Coder" von
http://www.mediacoderhq.com/
Da ziehst du die Datei rein, wählst unter dem Reiter "Video" den Haken bei "Enable Video" und ebenfalls bei "Copy Video". Bei Audio auch enable und copy und schließlich bei Container "MP4".
Falls das nicht hilft, musst du die Datei in ein komplett anderes Dateiformat mit einem anderen Codec umwandeln. h.264 ist sehr gut und hat wenig Qualitätsverlust, wenn man die Bitrate hoch genug einstellt (min 4 Mbit für HD-720p, min 6-8 Mbit für HD-1080p).