Generell ist es eher genau anders rum: Komprimiertes Material ist viel schwieriger zu bearbeiten wie unkomprimiertes/leicht komprimiertes (DV-avi) und braucht mehr Rechenpower.
Was das Backup angeht: Schonmal gut, dass du dran denkst backups zu machen. Dafür würde ich es auf jeden Fall in ein kleineres Format komprimieren. Ich schlage dir DviX oder h.264 mit jeweils 3000kbps und 2-Pass Encoding vor. Für das Batch-Encoden, also sodass du das ganze einmal anschaltest und dann alle Files hintereinander konvertiert werden, gibt es verschiedene Tools.
Ich mag SUPER sehr. der Media Coder (
http://mediacoder.sourceforge.net/) ist auch sehr zu empfehlen. Du kannst natürlich auch Virtual Dub nehmen, wenn du bspw. noch skalieren willst oder andere Filter auf dein Material anwenden willst (Deinterlace z.B. ; da bieten SUPER und der Media Coder aber auch Einstellungen für).