Ich glaube, VirtualDub kann sowas auch. Du brauchst in jedem Fall das Logo (oder was auch immer du als Wasserzeichen verwenden willst) als Bild mit Transparenz, zum Beispiel als PNG.
Wenn du das Wasserzeichen nicht dauerhaft ins Video brennen willst, gäbe es meines Wissens nach höchstens noch die Möglichkeit, den Film als DVD zu brennen und als Untertitelspur das Logo einzubinden. Es gibt auch fürs Netz ein Skript, was ein Bild über ein Video legt (hatte ich mal in der Überleigung für unsere Seite), weiß momentan aber nicht mehr, wo ich das gelesen habe oder wie es funktioniert.